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Die Biomanipulation ist eine Biotechnologie zur Steuerung von Nahrungsketten. Sie kommt vor allem im Rahmen der Wassergütebewirtschaftung zur Sanierung überdüngter Seen zur Anwendung. Das Ziel ist eine Begrenzung der Phytoplanktonbiomasse über den Aufbau eines gut entwickelten Raubfischbestandes. Die Technik der Biomanipulation wurde durch den amerikanischen Gewässerökologen Joseph Shapiro entwickelt und eingeführt.