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Die Selbstorganisation ist in der Systemtheorie eine Form der Systementwicklung, bei der formgebende oder gestaltende Einflüsse von den Elementen des Systems selbst ausgehen. In Prozessen der Selbstorganisation werden strukturelle Ordnungen, bzw. Musterbildungen erreicht, ohne dass diese nachweislich durch äußere, steuernde Einflüsse entstehen oder linear spezifischen Ursachen zugeordnet werden können. Selbstorganisation ist eine Eigenschaft komplexer, dynamischer Systeme, die in der Synergetik -- der Theorie vom Zusammenwirken der Elemente -- untersucht werden. Bei diesem oft spontane Entstehen von Ordnungsmustern aus der Systemdynamik heraus, spricht man von Emergenz, bzw. von emergenten Phänomenen.